微波杀菌设备常规热力杀菌是通过热传导、对流或辐射方式将热量从物料表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长的时间。而微波杀菌则是通过微波能与物料中细菌等微生物直接反应，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温目的，处理时间大大缩短。各种物料的杀菌时间一般在3到5分钟，杀菌温度在70至90度。其特点是时间短，速度快。杀菌均匀彻底，低温杀菌，可保持物料的营养成分和风味，节能环保，设备操作简单，可控性好，工艺先进。
      微波杀菌可分为包装后杀菌和包装前杀菌。包装容器不能用金属质地的，需用介质材料，一般用塑料软包装或玻璃，工程塑料质地容器为宜。为防止在微波杀菌过程中涨袋，设备可在工作仓内施加压力采用反压杀菌工艺，可防止涨袋损失。
      现微波杀菌技术已扩展到制造工业生产用的工业微波加热设备，以满足诸如食品加工行业的食品烹调与加工，杀菌保鲜需要；还有橡胶硫化、再生胶脱硫；纺织品染色固色；化纤产品定型、干燥脱水；皮草、纸张及化妆品的干燥、杀菌；胶卷等涂层的干燥脱水；烟叶焙烤；中成药材或制品的干燥杀菌；砂型坯模固化干燥、石墨材料、陶瓷的加热等行业需要。